Gli oligonucleotidi sono una classe emergente di farmaci entrati nel mercato come biofarmaci grazie alla loro capacità di interferire direttamente con l’espressione genica invece di colpire le proteine.
Con il tempo hanno acquistato sempre più importanza nel settore ed oggi sono utilizzati per applicazioni mediche e per la cura di diverse tipologie di malattie.
La produzione di oligonucleotidi avviene solitamente mediante sintesi chimica in fase solida e tramite l’utilizzo di nucleosidi fosforamidici come blocchi di costruzione. Inoltre, per evitare reazioni collaterali indesiderate, l’emergere di impurità e prodotti di degradazione, vengono applicati ai nucleosidi anche dei gruppi protettivi.
La sfida principale nella purificazione degli oligonucleotidi è dettata dalla presenza di impurità strutturalmente simili, come gli shortmer (n-x) e i longmer (n+x), che sono difficili da separare dal prodotto desiderato; proprio per questo, per ottenere risultati affidabili e riproducibili è necessario avere un set-up altamente robusto e sensibile.
L’ analisi degli oligonucleotidi sintetizzati mediante cromatografia analitica è fondamentale per monitorarne la qualità e la quantità prima e dopo la purificazione.
A seguito di ciò, la cromatografia liquida a coppia ionica in fase inversa (IP-RP) e la cromatografia a scambio anionico (AEX) sembrerebbero essere i gold standard per la caratterizzazione degli oligonucleotidi e dei loro sottoprodotti.
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